培养环境适宜时，雨生红球藻主要以绿色具鞭毛细胞（Flagellated cell）状态存在；当雨生红球藻处于高光，缺氮，高温，高盐等胁迫环境中时，雨生红球藻从具鞭毛的状态就开始向无鞭毛细胞（Non-flagellated cell）状态转变，这个过程中往往伴随着虾青素的大量积累，这也是藻细胞变红的原因。