低聚果糖在食品中最广泛的应用是在乳制品中。在发酵乳制品中添加低聚果糖，可以为产品中的双歧杆菌等益生菌提供营养源，增强益生菌活菌的数量和作用，延长保质期；在非发酵乳制品(原乳、奶粉等)中添加低聚果糖，还可以解决中老年人和儿童在补充营养时易上火和便秘等问题。由于低聚果糖在酸性条件下的稳定性优于蔗糖，且能使双歧杆菌增殖，因此广泛地代替部分蔗糖应用于酸奶、乳酸菌饮料等酸性食品。